我们最不愿意提到的历史偏偏最难以忘怀。清同治九年（1870），阿古柏攻陷了乌鲁木齐。第二年，俄国人发动突然袭击，赶走了清朝在新疆的最高官府--伊犁将军衙门，占领了新疆耕地最为肥沃、人口最为稠密、工商业最为发达的伊犁地区。 对此，他们向清朝解释说，因为清朝已经无法在那里行使主权，所以基于朋友的道义，暂时代为管理，以免落入叛军之手；一旦新疆的叛乱平息，俄国就将双手奉还。在他们看来，清朝再也不可能回到新疆，伊犁地区并入俄国已成定局。

清军没有放任新疆丢失。陕甘总督左宗棠在65岁的多病垂暮之年，接受了“钦差大臣，督办新疆军务”的重任，率6万湖湘子弟西行，短短一年就扫荡了阿古柏并收复了天山南北的大片国土。 清光绪二年（1876），清朝竟然回到了新疆，还打了一个久违的胜仗，这令俄国人十分惊诧。依它过去所作的承诺，必须无条件地从伊犁撤退。俄国人实在无法拒绝撤退，但却要求谈判撤退的条件。 俄国人实属谈判高手，此前的清咸丰八年（1858）、咸丰十年（1860年）、同治三年（1864），他们分别通过《瑷珲条约》、《北京条约》、《塔城条约》（《中俄勘分西北界约记》）割占了清朝黑龙江以北、外兴安岭以南、乌苏里江以东、新疆西北的156万平方公里的土地。

这一次，他们岂能甘心空手而归？ 清军对分裂势力的仗是打胜了，但对“北极熊”却无可奈何。按照惯例，谈判地点应在两国边界或第三国，但俄国却硬将谈判地点定在自己的首都圣彼得堡。于是清朝于光绪五年（1879）派遣满洲权贵崇厚前往俄国，这是中国历史上第一次派遣使者到外国首都办理交涉。 这位满脑袋糨糊的使者认为，只要收回伊犁，就算完成了任务。而且临行前，他通过占卦得知此行不利（汉人的糟粕也被满人学会）。因此，他到达俄国后，很快签订了包括赔款白银280万两，割让霍尔果斯河以西和特克斯河流域5万平方公里土地给俄国，斋桑湖以东重新划界在内的《里华几亚条约》。然后，崇厚仓促回国。

按照条约，清朝只收回了一个伊犁孤城，城西和城南的土地全部丧失，从伊犁到天山南麓必经的特克斯河也被切断。此时的清朝已经略懂国际事务，加上英国暗中出谋划策，于是做出了三个决定：一是拒绝批准这个条约；二是将没有接到训令就擅自回国的崇厚判处死刑（卦象果然应验）；三是令左宗棠集结军队准备进攻伊犁。 尽管俄国人不甘示弱，但他们还没有西伯利亚铁路，从国内运兵要浪费很多时间，而且新征服的中亚有同清朝联合反抗的苗头，最后，两个国家重新谈判。这一次，清朝没有再派满洲权贵，而是派出有些外交经验的汉人曾纪泽作为全权代表。 光绪七年（1881），《圣彼得堡条约》（又称《收回伊犁条约》）终于诞生，霍尔果斯河以西2万平方公里的土地割让给了俄国，上个条约中割让特克斯河流域的条款被删掉，不过赔偿的军费增加到500万两白银。

不管怎么说，整个新疆总算重新回到了祖国的怀抱。 两年后，自感吃了亏的俄国人再次跟清廷勘定斋桑湖以东的边界，通过《科塔条约》割走了3万平方公里的土地。至此，“北极熊”共从中国西北割走土地63万平方公里。哈萨克人的生活区域基本被并入俄国版图，中国境内的哈萨克人只剩下中玉兹的克烈部和乃蛮部。